超高壓殺菌技術最適合果汁飲料、濃縮果汁和果醬的那個液態或者半固態食品的殺菌。超高壓處理的新鮮果汁，其顏色、風味、營養成分和未經超高壓處理的新鮮果汁幾乎無任何差別。
引起酸性果汁飲料腐敗變質的菌主要是酵母菌、霉菌和部分腐敗細菌,而耐熱性強的芽孢菌在此酸性條件下無法生長繁殖, 因此采用超高壓殺菌最為合適, 在 400MPa下加壓10min, pH 在4以下的果汁即可到達商業無菌狀態, 在室溫下放置幾個月甚至一年半無任何微生物引起的腐敗變質現象。
劉長姣（2006）等在五味子飲料加工中采用壓力為400MPa，保壓時間為5min殺菌，研究結果表明，經超高壓殺菌的飲料復合GB2759-81規定。一般酸性飲料中,引起飲料腐敗變質的主要菌是酵母菌、霉菌等腐敗細菌。根據FDA的報告,這些細菌在300～400 MPa的壓力下處理10 min左右即可被殺死。寄生蟲、病毒在低壓處理即可失活。酸性飲料中芽孢菌不會生長繁殖,即對于五味子飲料(pH=3.15)來說不存在芽孢菌滅活問題,所以在300～400MPa的壓力條件下足可以使五味子飲料中的致腐敗菌與有害菌滅活。
趙玉生（2006）等在獼猴桃汁的超高也殺菌效果中探討了熱敏性純獼猴桃汁在超高壓處理過程中, 存在的菌落總數和大腸菌群數隨壓強大小和加壓時間變化的關系。試驗結果表明, 在常溫下獼猴桃汁中的大腸菌群對壓強的敏感性高于菌落總數。壓強400MPa保壓15min時, 大腸菌群可全部殺滅, 而菌落總數也可降至35cfu/mL, 符合國家食品衛生標準的要求。
小川浩史（2003）等將柑桔類果汁( pH2.5～3.7) 經 100～600MPa、5～10min 加壓殺菌, 研究結果表明: 細菌、酵母菌和霉菌總數均隨壓力增大而減少, 酵母菌、霉菌和無芽孢細菌可以被完全殺死, 但仍有棒桿菌、枯草桿菌等能形成耐熱性強的芽孢而有殘留; 但如果加壓至 600MPa 再結合適當的低溫加熱( 47～57℃) , 則可以完全殺菌。
類似上述的大量研究表明，超高壓對果汁中的微生物起到滅活作用，在不同的壓力及保壓時間下達到殺菌效果，可延長果蔬汁飲料的貨架期
